Zasady przetwórstwa produktów rolnictwa ekologicznego zostały ściśle określone we wspomnianym wcześniej Rozporządzeniu Rady EWG nr 2092/91/EWG w sprawie produkcji ekologicznych produktów rolnych oraz znakowania produktów i środków spożywczych, z dnia 24 czerwca 1991 roku. Zgodność produkcji z tymi zasadami musi być potwierdzona certyfikatem i podlega stałej kontroli przeprowadzanej przez upoważnioną jednostkę certyfikującą (spis siedmiu tego typu jednostek został zamieszczony w poprzednim rozdziale niniejszej broszury). Kontrola dotyczy zarówno produkcji rolnej, jak i jej przetwórstwa oraz obrotu.

Przetwórnie produktów ekologicznych muszą oczywiście spełniać wszystkie wymagania sanitarne i techniczne zawarte w przepisach odnoszących się do przetwórstwa artykułów spożywczych.

Przebieg włączania się do systemu przetwórstwa ekologicznego jest następujący:

1) Chęć rozpoczęcia przetwórstwa produktów rolnictwa ekologicznego (artykułów rolno-spożywczych lub pasz) musi zostać zgłoszona do wybranej jednostki certyfikującej. Należy poza tym dostarczyć dokumenty wymagane do oceny samego zakładu, jak i procesu produkcyjnego:

• opis jednostki produkcyjnej, czyli obiektów, linii technologicznych, sposobów transportu między obiektami oraz pomieszczeń do pakowania i magazynowania przetworzonych produktów ekologicznych;
• opis procesu technologicznego (czyli przetwarzania produktów); wykaz surowców ekologicznych i źródeł ich pozyskiwana, a także spis dodatków do produkcji i opis opakowań produktów gotowych.

2)Jednostka certyfikująca na podstawie przedłożonych dokumentów przeprowadza kontrolę wstępną.

3) Po zaakceptowaniu zgłoszonych obiektów i procesów technologicznych właściciel przetwórni otrzymuje certyfikat zgodności i może rozpocząć wytwarzanie produktów ekologicznych. Następne kontrole odbywają się przynajmniej raz do roku.

4) Zamiar podjęcia działalności w rolnictwie ekologicznym należy także zgłosić do Wojewódzkiej Inspekcji Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych.

W przetwórstwie ekologicznym dąży się do maksymalnego zachowania wartości biologicznej surowców i dlatego przetwarza się surowce jedynie w stopniu niezbędnym. Przydatne okazują się tradycyjne metody przetwórcze - obróbka mechaniczna i fizyczna (często ręczna) oraz fermentacja.

Przetworzone produkty rolno-spożywcze mogą być etykietowane i reklamowane jako ekologiczne jedynie wówczas, gdy spełniają następujące warunki:

• Co najmniej 95% składników stanowią produkty uzyskane metodami ekologicznymi,
• Produkt lub jego składniki nie zostały poddane obróbce z wykorzystaniem promieniowania jonizującego,
• Produkt został wytworzony bez zastosowania organizmów genetycznie zmodyfikowanych ani ich pochodnych,
• W przetwarzaniu produktów roślinnych i zwierzęcych przeznaczonych do spożycia przez ludzi zastosowano jedynie składniki wymienione w załączniku VI do wspomnianego wcześniej Rozporządzenia Rady EWG nr 2092/91.

W przypadku gdy przetwórnia chce łączyć produkcję ekologiczną z konwencjonalna, musi o tym poinformować jednostkę certyfikującą oraz zapewnić, że obydwa rodzaje produkcji będą realizowane oddzielnie i uniemożliwią zmieszanie surowców i produktów. Musi także zagwarantować identyfikację poszczególnych partii produktów.
Rozdzielność produkcji ekologicznej i konwencjonalnej można zapewnić operując:

• czasem produkcji: produkcja ekologiczna może odbywać się przykładowo w inne dni, niż konwencjonalna.;
• przestrzenią: produkcja ekologiczna odbywa się w tym samym czasie, co konwencjonalna, ale na odrębnych liniach produkcyjnych.

W produkcji ekologicznych pasz i mieszanek paszowych wolno stosować jedynie materiały paszowe i dodatki wymienione z załączniku II punktu C i D Rozporządzenia Rady EWG nr  2092/91.