Podstawą nawożenia w ekologicznej produkcji roślinnej są nawozy organiczne takie jak: kompost, obornik, gnojowica, nawozy zielone. Chów zwierząt z kolei oparty jest na własnych paszach. W ekologicznym systemie produkcji wyklucza się stosowanie syntetycznych substancji takich jak: nawozy sztuczne, pestycydy czy hormony wzrostu. Niedopuszczalne jest również wykorzystywanie organizmów modyfikowanych genetycznie i ich pochodnych.

Są stosowane także nawozy mineralne - tylko jako dodatki w sytuacjach, kiedy w glebie występuje niedobór określonego pierwiastka. Lista dozwolonych w rolnictwie ekologicznym nawozów mineralnych, organicznych, dolistnych i dodatków polepszających glebę, dopuszczonych do obrotu rynkowego, jest publikowana wyłącznie przez Instytut Uprawy, Nawożenia i Gleboznawstwa w Puławach. Instytut został upoważniony przez Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi do sporządzenia takiej listy. Na liście tej nie ma nawozów sztucznych.

W gospodarstwach ekologicznych wykonuje się zabiegi ochrony roślin preparatami biologicznymi. Listę dozwolonych w rolnictwie ekologicznym środków ochrony roślin tworzy (na podstawie upoważnienia Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi) Instytut Ochrony Roślin w Poznaniu. W gospodarstwach ekologicznych wysiewa się nasiona i sadzi sadzonki wyprodukowane wyłącznie według zasad rolnictwa ekologicznego. Lista dozwolonego materiału siewnego jest publikowana przez Główny Inspektorat Ochrony Roślin i Nasiennictwa.

Płodozmian jako podstawa funkcjonowania ekogospodarstwa

Dobrze ułożony płodozmian to nie tylko wyższe plony roślin, większa ich zdrowotność i mniejsze zachwaszczenie, ale w gruncie rzeczy podstawa harmonijnego funkcjonowania całego gospodarstwa ekologicznego. Większość uprawianych przez człowieka roślin ma spore wymagania pokarmowe i z tego powodu rolnik musi przez cały czas dbać o podnoszenie żyzności gleby w swoim gospodarstwie.
W gospodarstwie ekologicznym uprawia się kilkanaście gatunków roślin oraz stwarza warunki sprzyjające rozwojowi organizmów zwierzęcych. Aby nie wyjałowić jednostronnie gleby, stosuje się odpowiednie następstwo roślin. W gospodarstwie ekologicznym najczęściej uprawia się rośliny w mieszankach, najlepiej wielogatunkowych. Bogactwo roślin powiększa się nie tylko w przestrzeni gospodarstwa, lecz i w czasie - rozbudowując zmianowanie do 5-7, a nawet kilkunastu jego elementów.

Płodozmiany gospodarstw ekologicznych są rozmaite, o zróżnicowanej liczbie pól, ale powinny znaleźć się w nich:

1. pole roślin okopowych z dużą ilością nawozu organicznego,
   
2. pole roślin zbożowych,
   
3. strukturotwórcze pole pastewnych roślin motylkowatych.
   

Należy podkreślić, że wszystkie uprawy w takim gospodarstwie są nawożone (najlepiej kompostem), ale zróżnicowanymi dawkami. Dużą rolę do spełnienia mają tutaj rośliny motylkowate, poprawiające bilans azotu, polepszające strukturę i meliorujące glebę, pozostawiające w końcu najwięcej masy organicznej w postaci resztek pożniwnych. Rośliny te są głównym źródłem azotu, dlatego powinno być ich w płodozmianie jak najwięcej. Nie można jednak dopuścić do "zmęczenia gleby". Zjawisko te wywołane jest przez bakteriofagi, które niszczą bakterie brodawkowe na korzeniach roślin motylkowatych. Żeby zapobiec temu niekorzystnemu faktowi, należy przy dużym wysyceniu płodozmianu motylkowatymi tak dobrać następstwo, by nie powtarzały się zbyt często po sobie te gatunki motylkowatych, które współżyją z tym samym szczepem bakterii brodawkowych, ponieważ poszczególne rasy bakteriofagów atakują tylko odpowiadające im szczepy bakterii.

Organiczne nawożenie

Produkcja, przechowywanie, stosowanie i działanie nawozów organicznych to istotne problemy gospodarstwa ekologicznego. Rolnik w swoim gospodarstwie musi wyprodukować taką ilość nawozów, aby plony roślin kształtowały się na zadowalającym poziomie a jednocześnie bilans będących w obiegu składników był maksymalnie wysoki. Wytwarzane w obrębie gospodarstwa nawozy organiczne muszą być przechowywane. Główną przyczyną tego jest rozbieżność pomiędzy terminami produkcji, a zastosowaniem nawozów.

Rolnik ekologiczny bazuje na nawozach organicznych wytwarzanych we własnym gospodarstwie (kompost, obornik, nawozy zielone). Można w ograniczonym zakresie stosować też gnojowicę. W celu polepszenia bilansu nawozowego wykorzystuje się wszelkie odpadki i ścieki gospodarskie. Niebagatelną rolę w ogólnym rozrachunku odgrywają resztki korzeniowe i pożniwne roślin uprawnych. 

Nawozy organiczne są podstawą nawożenia w gospodarstwie ekologicznym. Nawozami uzupełniającymi są nawozy mineralne zasobne w mikro- i makroelementy. Są to głównie mielone skały zasobne w makroelementy i nie zawierające substancji szkodliwych. Składniki zawarte w tych nawozach są trudniej dostępne dla roślin. Lepsze ich wykorzystanie umożliwia się przez wprowadzenie zawartych w nich składników do obiegu biologicznego, czyli dosypywanie tych nawozów do kompostu, obornika lub gnojowicy. Zastosowanie ich bezpośrednio do gleby daje dużo gorsze efekty.

Biologiczne środki ochrony roślin

Rozprzestrzenianie się chwastów, chorób i szkodników jest hamowane w gospodarstwie ekologicznym głównie poprzez działania profilaktyczne. Odpowiedni płodozmian, nawożenie, dobór odpornych odmian roślin, zapewnienie warunków rozwoju naturalnych wrogów szkodników - te działania hamują rozwój szkodliwych organizmów i pozwalają wytworzyć naturalną równowagę pomiędzy szkodnikami i owadami pożytecznymi. Ponadto stosuje się mechaniczne uprawki agrotechniczne niszczące patogeny(2) .

Jeśli te zabiegi nie wystarczą, w ostateczności sięga się po biologiczne środki ochrony roślin, które nie pozostawiają szkodliwych pozostałości w glebie i roślinach.